Thuế GTGT khấu trừ vs trực tiếp — DN mới chọn phương pháp nào?

TL;DR

Quyết định chọn phương pháp tính thuế Giá trị gia tăng (GTGT) trong những ngày đầu thành lập sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và lợi nhuận của doanh nghiệp. Về cơ bản, phương pháp khấu trừ là lựa chọn tối ưu cho các doanh nghiệp có lượng hóa đơn đầu vào lớn, chi phí mua hàng hóa và nguyên vật liệu chiếm tỷ trọng cao (như thương mại, sản xuất). Ngược lại, phương pháp trực tiếp lại là "cứu cánh" cho các doanh nghiệp dịch vụ, tư vấn, nơi chi phí chủ yếu là lương nhân viên và rất ít hóa đơn đầu vào. Việc chọn sai phương pháp có thể khiến bạn phải nộp một khoản thuế khổng lồ một cách oan uổng, do đó chủ doanh nghiệp cần tính toán kỹ lưỡng ngay từ tháng đầu tiên.

2 phương pháp — định nghĩa

Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) bản chất là một loại thuế gián thu, đánh vào phần giá trị tăng thêm của hàng hóa hoặc dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng. Điều quan trọng mà các chủ doanh nghiệp mới cần nhớ là: doanh nghiệp không phải là người chịu thuế GTGT, mà người tiêu dùng cuối cùng mới là người trả khoản tiền này. Doanh nghiệp của bạn chỉ đang đóng vai trò là "người thu hộ" cho cơ quan Nhà nước thông qua việc cộng thêm thuế vào giá bán sản phẩm.

Hiện nay, pháp luật thuế Việt Nam quy định hai cách thức để doanh nghiệp tính toán và nộp lại khoản tiền thu hộ này cho Nhà nước: phương pháp khấu trừ và phương pháp trực tiếp. Sự khác biệt cốt lõi giữa hai phương pháp này nằm ở cách cơ quan thuế nhìn nhận và cấn trừ các khoản chi phí đầu vào mà doanh nghiệp đã bỏ ra. Việc lựa chọn phương pháp nào hoàn toàn phụ thuộc vào đặc thù ngành nghề kinh doanh, cơ cấu chi phí và khả năng quản lý hệ thống sổ sách kế toán của từng công ty.

Theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 (được sửa đổi, bổ sung qua các năm), doanh nghiệp mới thành lập có quyền tự đánh giá và đăng ký phương pháp tính thuế phù hợp với mô hình của mình. Tuy nhiên, mỗi phương pháp lại đi kèm với những điều kiện ràng buộc riêng về hóa đơn, chứng từ và chế độ báo cáo. Hiểu rõ định nghĩa và cơ chế hoạt động của từng phương pháp là bước đầu tiên để bạn xây dựng một Lộ trình 12 tháng vận hành tài chính an toàn, tuân thủ đúng pháp luật mà không bị thiệt thòi về mặt dòng tiền.

Phương pháp khấu trừ (công thức, thuế suất)

Phương pháp khấu trừ là cách tính thuế phổ biến nhất, được áp dụng bởi đại đa số các doanh nghiệp vừa và lớn tại Việt Nam. Công thức tính toán của phương pháp này rất rõ ràng: Số thuế GTGT phải nộp = Số thuế GTGT đầu ra - Số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ. Trong đó, thuế đầu ra là khoản thuế bạn thu từ khách hàng khi xuất hóa đơn bán hàng, còn thuế đầu vào là khoản thuế bạn đã trả cho nhà cung cấp khi mua hàng hóa, dịch vụ phục vụ cho hoạt động kinh doanh.

Để áp dụng phương pháp này, doanh nghiệp phải sử dụng Hóa đơn GTGT (hay còn gọi là hóa đơn đỏ, hóa đơn VAT) khi bán hàng. Mức thuế suất áp dụng trên hóa đơn đầu ra thường là 10%, 5% hoặc 0% tùy thuộc vào loại hàng hóa, dịch vụ theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC. Đặc biệt, trong một số giai đoạn kích cầu kinh tế, Chính phủ có thể ban hành các Nghị định giảm thuế suất từ 10% xuống 8% (ví dụ như Nghị định 72/2024/NĐ-CP), đòi hỏi bộ phận kế toán phải cập nhật liên tục để xuất hóa đơn cho chính xác.

Ưu điểm lớn nhất của phương pháp khấu trừ là tính công bằng và minh bạch trong chuỗi cung ứng. Nếu bạn mua một lô hàng với giá trị lớn, số thuế đầu vào bạn đã trả sẽ được cấn trừ trực tiếp vào số thuế đầu ra bạn thu được, giúp giảm đáng kể nghĩa vụ nộp thuế bằng tiền mặt. Tuy nhiên, đổi lại, doanh nghiệp phải duy trì một hệ thống sổ sách kế toán cực kỳ chặt chẽ, lưu trữ đầy đủ hóa đơn chứng từ hợp lệ để chứng minh với cơ quan thuế khi có thanh tra, kiểm tra định kỳ.

Phương pháp trực tiếp (công thức, tỷ lệ ngành)

Khác với phương pháp khấu trừ đòi hỏi sự phức tạp trong việc cấn trừ hóa đơn, phương pháp trực tiếp mang đến một cơ chế tính toán đơn giản và gọn nhẹ hơn rất nhiều. Công thức áp dụng ở đây là: Số thuế GTGT phải nộp = Doanh thu x Tỷ lệ %. Với cách tính này, doanh nghiệp không cần quan tâm đến việc mình có bao nhiêu hóa đơn đầu vào, cũng không cần thực hiện các phép tính trừ phức tạp. Bạn chỉ cần xác định tổng doanh thu bán hàng trong kỳ và nhân với một tỷ lệ phần trăm cố định do Nhà nước quy định.

Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định cụ thể tại Điều 13 Thông tư 219/2013/TT-BTC, phân chia theo 4 nhóm ngành nghề chính. Cụ thể: Phân phối, cung cấp hàng hóa áp dụng mức 1%; Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu áp dụng mức 5%; Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu áp dụng mức 3%; và các hoạt động kinh doanh khác là 2%. Khi bán hàng, doanh nghiệp áp dụng phương pháp này sẽ sử dụng "Hóa đơn bán hàng" thông thường (không có dòng thuế suất GTGT) thay vì "Hóa đơn GTGT".

Phương pháp trực tiếp đặc biệt tỏa sáng đối với các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực dịch vụ, tư vấn, giáo dục hoặc phần mềm. Đây là những ngành nghề mà chi phí chủ yếu cấu thành từ chất xám, tiền lương nhân sự — những khoản chi phí không có hóa đơn GTGT đầu vào. Nếu áp dụng phương pháp khấu trừ, các doanh nghiệp này sẽ phải nộp toàn bộ 10% thuế đầu ra do không có đầu vào để cấn trừ. Việc áp dụng tỷ lệ 5% trên doanh thu theo phương pháp trực tiếp sẽ giúp họ tiết kiệm được một nửa số tiền thuế phải nộp, đồng thời giảm bớt áp lực về việc quản lý sổ sách kế toán phức tạp.

Bảng so sánh

Để giúp các chủ doanh nghiệp dễ dàng hình dung và đưa ra quyết định, đội biên tập VSIS đã tổng hợp các tiêu chí khác biệt cốt lõi giữa hai phương pháp này. Việc so sánh dựa trên các yếu tố thực tế vận hành sẽ giúp bạn nhìn nhận rõ ràng hơn về ưu và nhược điểm của từng lựa chọn.

Ví dụ tính cho 3 case (thương mại, dịch vụ, sản xuất)

Để hiểu rõ sự tác động của từng phương pháp đến dòng tiền, chúng ta hãy cùng xem xét ba kịch bản thực tế thường gặp ở các doanh nghiệp mới thành lập. Kịch bản đầu tiên là một doanh nghiệp thương mại chuyên mua bán thiết bị điện tử. Giả sử trong tháng, công ty mua vào lô hàng trị giá 500 triệu đồng (chưa VAT), thuế GTGT đầu vào 10% là 50 triệu đồng. Sau đó, công ty bán hết lô hàng này với doanh thu 600 triệu đồng (chưa VAT). Nếu dùng phương pháp khấu trừ, thuế phải nộp là: (600 x 10%) - 50 = 10 triệu đồng. Nếu dùng phương pháp trực tiếp (tỷ lệ 1% cho phân phối hàng hóa), thuế phải nộp là: 600 x 1% = 6 triệu đồng. Trong trường hợp biên độ lợi nhuận mỏng này, phương pháp trực tiếp có vẻ rẻ hơn một chút, nhưng khách hàng B2B có thể sẽ không mua hàng vì họ không được khấu trừ 60 triệu tiền thuế đầu vào.

Kịch bản thứ hai là một doanh nghiệp dịch vụ tư vấn marketing với 8 nhân sự. Trong tháng, công ty đạt doanh thu 300 triệu đồng. Chi phí chủ yếu là lương nhân viên (200 triệu đồng - không có VAT) và chi phí thuê văn phòng, điện nước có hóa đơn VAT đầu vào chỉ khoảng 3 triệu đồng. Nếu áp dụng phương pháp khấu trừ, thuế đầu ra là 30 triệu đồng (10%), trừ đi 3 triệu đầu vào, công ty phải nộp 27 triệu đồng. Tuy nhiên, nếu áp dụng phương pháp trực tiếp (tỷ lệ 5% cho dịch vụ), số thuế phải nộp chỉ là: 300 x 5% = 15 triệu đồng. Rõ ràng, với ngành dịch vụ ít chi phí đầu vào, phương pháp trực tiếp giúp doanh nghiệp tiết kiệm đến 12 triệu đồng tiền mặt.

Kịch bản thứ ba là một xưởng sản xuất nội thất gỗ quy mô nhỏ. Doanh thu bán hàng trong tháng là 400 triệu đồng. Chi phí mua gỗ, đinh, sơn (có hóa đơn VAT) là 200 triệu đồng, tương ứng thuế đầu vào 20 triệu đồng. Chi phí nhân công thợ mộc là 100 triệu đồng (không VAT). Nếu dùng khấu trừ: Thuế đầu ra (400 x 10%) là 40 triệu, trừ đi 20 triệu đầu vào, phải nộp 20 triệu đồng. Nếu dùng trực tiếp (tỷ lệ 3% cho sản xuất): Thuế phải nộp là 400 x 3% = 12 triệu đồng. Ở mức doanh thu và chi phí này, phương pháp trực tiếp đang có lợi hơn. Tuy nhiên, nếu xưởng mở rộng, mua sắm máy móc thiết bị lớn (ví dụ máy CNC 500 triệu, VAT 50 triệu), phương pháp khấu trừ sẽ giúp xưởng không phải nộp thuế GTGT trong nhiều tháng liền do được cấn trừ số thuế đầu vào khổng lồ từ việc mua tài sản.

Quy trình đăng ký (mẫu 06/GTGT, 30 ngày)

Trước đây, theo các quy định cũ, doanh nghiệp mới thành lập muốn áp dụng phương pháp khấu trừ bắt buộc phải nộp Mẫu 06/GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Tuy nhiên, để cải cách thủ tục hành chính, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 93/2017/TT-BTC (có hiệu lực từ ngày 05/11/2017), chính thức bãi bỏ việc nộp Mẫu 06/GTGT. Mặc dù vậy, trên thực tế, nhiều kế toán viên và cán bộ thuế vẫn quen gọi quá trình này là "đăng ký mẫu 06", khiến không ít chủ doanh nghiệp mới bị bối rối khi tìm hiểu thông tin trên mạng.

Hiện nay, quy trình đăng ký phương pháp tính thuế GTGT đã được đơn giản hóa tối đa và tích hợp ngay vào kỳ kê khai thuế đầu tiên của doanh nghiệp. Cụ thể, phương pháp tính thuế sẽ được xác định dựa trên loại Tờ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp nộp cho cơ quan thuế trong kỳ khai thuế đầu tiên (tháng hoặc quý đầu tiên kể từ khi có Giấy phép kinh doanh). Nếu bạn nộp Tờ khai mẫu số 01/GTGT, cơ quan thuế sẽ tự động hiểu bạn chọn phương pháp khấu trừ. Nếu bạn nộp Tờ khai mẫu số 04/GTGT, bạn đang chọn phương pháp trực tiếp.

Mặc dù thủ tục đã đơn giản, chủ doanh nghiệp vẫn cần lưu ý mốc thời gian quan trọng: kỳ kê khai thuế đầu tiên. Thông thường, doanh nghiệp có thời hạn chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo (nếu khai theo tháng) hoặc ngày cuối cùng của tháng đầu tiên quý tiếp theo (nếu khai theo quý) để nộp tờ khai. Việc bỏ lỡ hạn chót này không chỉ khiến bạn mất quyền chủ động chọn phương pháp thuế mà còn dẫn đến các khoản phạt vi phạm hành chính nặng nề. Để không bỏ sót bất kỳ deadline nào, anh chị nên tham khảo Lịch nghĩa vụ thuế năm đầu — bản in được, dán bàn làm việc mà chúng tôi đã biên soạn chi tiết.

Yêu cầu đủ điều kiện khấu trừ

Nếu quyết định đi theo con đường phương pháp khấu trừ, doanh nghiệp của bạn phải tuân thủ một bộ quy tắc cực kỳ nghiêm ngặt để những hóa đơn đầu vào thực sự có giá trị cấn trừ thuế. Điều kiện tiên quyết đầu tiên là bạn phải có hóa đơn GTGT hợp pháp, hợp lệ và hợp lý cho các khoản mua sắm hàng hóa, dịch vụ. Hóa đơn này phải ghi rõ ràng, chính xác tên, địa chỉ và mã số thuế của công ty bạn. Chỉ một sai sót nhỏ trong việc ghi sai mã số thuế cũng có thể khiến hóa đơn đó bị cơ quan thuế loại ra khỏi danh sách được khấu trừ.

Điều kiện thứ hai, và cũng là cái bẫy mà nhiều doanh nghiệp mới hay mắc phải, là quy định về thanh toán không dùng tiền mặt. Theo quy định tại Thông tư 219/2013/TT-BTC và các văn bản sửa đổi, mọi hóa đơn mua hàng có tổng giá trị thanh toán từ 20 triệu đồng trở lên (đã bao gồm VAT) bắt buộc phải được thanh toán qua ngân hàng (từ tài khoản công ty bạn sang tài khoản công ty đối tác). Nếu bạn dùng tiền mặt để thanh toán cho hóa đơn trên 20 triệu, toàn bộ số thuế GTGT đầu vào của hóa đơn đó sẽ không được khấu trừ, gây thiệt hại trực tiếp đến dòng tiền của doanh nghiệp.

Bên cạnh đó, trong bối cảnh chuyển đổi số hiện nay, việc quản lý hóa đơn điện tử đòi hỏi sự cẩn trọng cao độ. Cơ quan thuế hiện đã liên thông dữ liệu hóa đơn toàn quốc, việc sử dụng hóa đơn từ các doanh nghiệp bỏ trốn hoặc hóa đơn khống sẽ bị phát hiện ngay lập tức. Để bảo vệ doanh nghiệp khỏi những rủi ro pháp lý không đáng có, anh chị cần nắm rõ các quy định hiện hành, đặc biệt là tránh Hoá đơn điện tử: 5 sai lầm khiến DN bị phạt 4–8 triệu/lần trong quá trình vận hành hàng ngày.

Sai lầm phổ biến (đăng ký khấu trừ nhưng thiếu hoá đơn đầu vào)

Thực tế ở các doanh nghiệp nhỏ cho thấy, sai lầm kinh điển nhất là chạy theo "phong trào" đăng ký phương pháp khấu trừ chỉ vì nghĩ rằng nó chuyên nghiệp hơn, hoặc để chiều lòng một vài khách hàng B2B, mà không đánh giá lại chuỗi cung ứng của chính mình. Nhiều chủ doanh nghiệp thương mại điện tử, bán lẻ hoặc kinh doanh nhà hàng chọn phương pháp khấu trừ, nhưng nguồn hàng đầu vào lại chủ yếu mua từ nông dân, chợ đầu mối hoặc các cá nhân kinh doanh nhỏ lẻ không có khả năng xuất hóa đơn GTGT.

Hậu quả của việc này là một cơn ác mộng về tài chính. Khi bán hàng ra, doanh nghiệp bắt buộc phải xuất hóa đơn và ghi nhận 10% thuế đầu ra. Nhưng khi nhìn lại tập hồ sơ đầu vào, kế toán không tìm thấy bất kỳ tờ hóa đơn đỏ nào để cấn trừ. Kết quả là, doanh nghiệp phải móc hầu bao nộp trọn vẹn 10% trên tổng doanh thu cho cơ quan thuế. Với những ngành hàng có biên độ lợi nhuận ròng chỉ ở mức 10-15%, việc phải nộp 10% thuế GTGT gần như "ăn sạch" toàn bộ công sức kinh doanh của cả một tập thể.

Một sai lầm phổ biến khác là việc chia nhỏ hóa đơn để lách luật thanh toán qua ngân hàng. Nhiều chủ doanh nghiệp nghĩ rằng, nếu mua lô hàng 30 triệu, chỉ cần yêu cầu nhà cung cấp xuất thành 2 hóa đơn, mỗi hóa đơn 15 triệu và thanh toán bằng tiền mặt trong cùng một ngày là an toàn. Tuy nhiên, theo quy định hiện hành, nếu mua hàng của cùng một nhà cung cấp trong cùng một ngày với tổng giá trị từ 20 triệu đồng trở lên, dù có chia làm bao nhiêu hóa đơn đi chăng nữa, vẫn bắt buộc phải chuyển khoản. Cơ quan thuế khi thanh tra sẽ dễ dàng bóc tách và loại bỏ các khoản khấu trừ sai phạm này, kèm theo đó là tiền phạt chậm nộp rất nặng.

Đổi phương pháp giữa chừng

Một câu hỏi mà đội biên tập VSIS thường nhận được là: "Nếu lỡ chọn sai phương pháp trong tháng đầu tiên, tôi có thể đổi lại được không?". Câu trả lời là có, nhưng không phải bạn muốn đổi lúc nào cũng được. Pháp luật thuế quy định tính ổn định trong kỳ kế toán để đảm bảo công tác quản lý của cơ quan nhà nước. Do đó, việc chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT thường chỉ được thực hiện vào thời điểm đầu của một năm dương lịch mới, chứ không được phép thay đổi linh tinh giữa các tháng hoặc các quý trong cùng một năm.

Để thực hiện việc chuyển đổi, chẳng hạn từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ, doanh nghiệp cần phải đáp ứng các điều kiện nhất định về doanh thu hoặc tự nguyện áp dụng nếu thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ. Quy trình chuyển đổi hiện nay cũng được thực hiện thông qua việc nộp Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế đầu tiên trong năm mới. Nếu bạn nộp mẫu 01/GTGT thay vì mẫu 04/GTGT như năm cũ, cơ quan thuế sẽ ghi nhận sự thay đổi này.

Tuy nhiên, việc chuyển đổi phương pháp tính thuế kéo theo rất nhiều hệ lụy về mặt sổ sách. Kế toán sẽ phải chốt lại toàn bộ số liệu, xử lý các hóa đơn tồn đọng và thiết lập lại hệ thống phần mềm kế toán để phù hợp với phương pháp mới. Việc này đòi hỏi sự tỉ mỉ và chuyên môn cao để tránh việc số liệu bị vênh giữa hai năm tài chính, dẫn đến rủi ro khi quyết toán thuế sau này.

Khi nào cần kế toán tư vấn

Trong 3 đến 6 tháng đầu tiên, khi lượng giao dịch còn ít, chủ doanh nghiệp có thể tự mình tìm hiểu và quyết định. Tuy nhiên, khi doanh nghiệp bắt đầu có doanh thu đều đặn, phát sinh các giao dịch mua sắm tài sản cố định lớn, hoặc ký kết hợp đồng với các đối tác nước ngoài (liên quan đến thuế nhà thầu, thuế suất 0%), sự can thiệp của một kế toán trưởng hoặc đơn vị tư vấn thuế chuyên nghiệp là bắt buộc. Họ sẽ giúp bạn lập kế hoạch dòng tiền đóng thuế, tối ưu hóa các chi phí hợp lý và đảm bảo mọi chứng từ đều kín kẽ trước pháp luật.

Đặc biệt, khi doanh nghiệp phát triển, việc ứng dụng công nghệ vào quản lý tài chính là không thể tránh khỏi. Bạn sẽ cần triển khai các phần mềm kế toán, hệ thống ERP nội bộ để theo dõi hóa đơn đầu vào, đầu ra một cách tự động. Để hệ thống kế toán nội bộ chạy mượt mà, bảo mật dữ liệu tài chính tuyệt đối, anh chị có thể tham khảo Hỗ trợ DN từ VSIS với các giải pháp hạ tầng máy chủ ổn định, giúp đội ngũ kế toán làm việc hiệu quả mọi lúc mọi nơi.

Ngoài ra, để tiết kiệm thời gian trong việc xây dựng các biểu mẫu quản trị nội bộ ban đầu, anh chị đừng quên truy cập thư viện template miễn phí của chúng tôi. Tại đây, VSIS đã chuẩn bị sẵn các mẫu bảng kê hóa đơn, file Excel quản lý dòng tiền được thiết kế riêng cho các doanh nghiệp nhỏ tại Việt Nam.

Key takeaways

• Phương pháp khấu trừ phù hợp với DN thương mại, sản xuất có nhiều hóa đơn đầu vào hợp lệ.
• Phương pháp trực tiếp là lựa chọn tối ưu cho DN dịch vụ, tư vấn có chi phí chủ yếu là lương nhân sự.
• Không cần nộp Mẫu 06/GTGT nữa; phương pháp được xác định qua Tờ khai thuế GTGT lần đầu.
• Hóa đơn mua hàng từ 20 triệu VNĐ trở lên bắt buộc phải chuyển khoản ngân hàng mới được khấu trừ.
• Chỉ được phép thay đổi phương pháp tính thuế GTGT vào thời điểm đầu năm dương lịch.
• Cẩn trọng khi mua hàng từ cá nhân không có hóa đơn nếu đang áp dụng phương pháp khấu trừ.

Câu hỏi thường gặp

1. Công ty tôi mới thành lập, chưa có doanh thu thì chọn phương pháp nào? Ngay cả khi chưa có doanh thu, bạn vẫn phải nộp tờ khai thuế GTGT (khai trắng). Việc chọn phương pháp lúc này nên dựa trên dự phóng về mô hình kinh doanh. Nếu bạn dự định mua sắm nhiều tài sản, máy móc ban đầu, hãy chọn khấu trừ để tích lũy số thuế đầu vào chờ cấn trừ sau này.

2. Hóa đơn trực tiếp (hóa đơn bán hàng) có được tính vào chi phí hợp lý không? Có. Hóa đơn bán hàng thông thường (do DN áp dụng phương pháp trực tiếp xuất) không được dùng để khấu trừ thuế GTGT, nhưng hoàn toàn hợp lệ để tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) vào cuối năm.

3. Tôi lỡ thanh toán tiền mặt cho hóa đơn 25 triệu, giờ phải làm sao? Theo quy định, hóa đơn này sẽ không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Để khắc phục (nếu hai bên đồng ý), bạn có thể thỏa thuận với nhà cung cấp trả lại tiền mặt, sau đó thực hiện chuyển khoản lại từ tài khoản công ty bạn sang tài khoản công ty họ, và lưu lại ủy nhiệm chi làm bằng chứng.

4. Doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp có được xuất hóa đơn điện tử không? Bắt buộc phải xuất hóa đơn điện tử. Hiện nay 100% doanh nghiệp phải sử dụng hóa đơn điện tử theo Nghị định 123/2020/NĐ-CP. Sự khác biệt chỉ là DN phương pháp trực tiếp sẽ xuất "Hóa đơn bán hàng điện tử", còn DN khấu trừ xuất "Hóa đơn GTGT điện tử".

5. Nếu số thuế đầu vào lớn hơn đầu ra liên tục nhiều tháng thì sao? Đối với phương pháp khấu trừ, phần thuế GTGT đầu vào chưa được cấn trừ hết sẽ được chuyển sang kỳ tiếp theo. Trong một số trường hợp cụ thể (như dự án đầu tư mới hoặc xuất khẩu đạt tỷ lệ nhất định), doanh nghiệp có thể làm hồ sơ xin hoàn thuế GTGT để lấy lại tiền mặt từ cơ quan Nhà nước.